1) Река ещё не замёрзла (основное предложение), и её свинцовые волны грустно чернели в однообразных берегах, покрытых белым снегом (подчинённое предложение, выделяется запятыми, так как оно является придаточным).
2) По обеим сторонам дороги торчали голые камни (основное предложение), кое-где из-под снега выглядывали кустарники (подчинённое предложение, выделяется запятыми, так как оно является придаточным).
3) Густой туман, нахлынувший волнами из ущелий (основное предложение), покрывал долину совершенно (подчинённое предложение, выделяется запятыми, так как оно является придаточным).
Пунктуационно все предложения оформлены правильно, с учётом правил постановки запятых при наличии сложносочинённых и сложноподчинённых предложений.